Het onderhoud van provinciale vaarwegen bevat het beheer en onderhoud aan het Merwedekanaal, de Eem, de Linge, de Oude Rijn West, De Kromme Mijdrecht en de Grecht.
De in 2025 geplande dagelijks beheer- en onderhoudswerkzaamheden aan de vaarwegen zijn zoveel mogelijk volgens de gemaakte afspraken uitgevoerd.
De Eem, de vaargeul in het Eemmeer tot aan de hoofdvaargeul Amsterdam Harderwijk en de Oude Rijn West worden door de provincie Utrecht zelf onderhouden.
In 2024 is een nieuwe bestuurlijke afspraak met het Waterschap Vallei & Veluwe gemaakt en ook vastgesteld. Daarin wordt weergegeven wat het gezamenlijke doel m.b.t. de Eem is en wat de nieuwe financiële bijdrage van het waterschap gaat worden. Met de gemeente Amersfoort is de provincie nog in overleg.
Het nautisch beheer, het vaarwegbeheer en het onderhoud van het Utrechtse deel van het Merwedekanaal is ook voor het jaar 2025 integraal overgedragen aan de provincie Zuid-Holland. Er is daartoe in 2020 met de provincie Zuid-Holland een samenwerkingsovereenkomst afgesloten met een looptijd van vijf jaar. Daarin is opgenomen om in 2024 een evaluatie te doen om vervolgens in 2025 te komen tot een nieuwe samenwerkingsovereenkomst. De evaluatie heeft in 2024 plaatsgevonden. Besloten is om het beheer door de provincie Zuid-Holland te blijven laten uitvoeren. Daartoe moet er een nieuwe overeenkomst worden gesloten. In 2025 is gestart door de beide Omgevingsverordeningen te synchroniseren zodat er geen verschillen ontstaan tussen de provincies onderling. Het doel is om in het najaar 2026, planning november, er tussen beide provincies een delegatiebesluit wordt vastgesteld waarin het beheer, onderhoud, vergunningverlening en handhaving door de provincie Zuid-Holland wordt uitgevoerd. De provincie Utrecht betaald daar jaarlijks een vergoeding voor. Inmiddels zijn in 2025 de beide Omgevingsverordeningen tussen de provincies gesynchroniseerd. Daarmee komt de weg vrij om eind 2026 een delegatiebesluit te nemen. De provincie Zuid-Holland wordt dan bevoegd om namens de provincie Utrecht het B&O, vergunningverlening en handhaving op zich te nemen.
Voor wat betreft de Oude Rijn west is gebleken dat de oeverconstructies aan de zuidzijde in eigendom zijn van de PU, en niet van de gemeente Woerden. Dat bracht een uitbreiding van het areaal oeverconstructies van bijna 5km met zich mee. Omdat de onderhoudsstaat niet duidelijk was werd in 2025 een inspectie van deze oeverconstructies uitgevoerd.
De Linge is over een lengte van circa 10 km aan de noordzijde in eigendom van de provincie; Waterschap Rivierenland heeft het beheer en onderhoud namens de PU gemandateerd uitgevoerd.
In opdracht van de Provincie Utrecht zijn de, Kromme Mijdrecht, Grecht en de overige waterwegen beheerd en onderhouden door de onderscheidende waterschappen/Hoogheemraadschappen.
